Skręcenia

Swiss-PdbViewer pozwala na zmianę kąta skręcenia aminokwasów i heteroatomów, jak również łańcucha głównego omega czy też kątów phi i psi.

To initiate a torsion, simply click on the torsion tool located at the top of the display window. You will be prompted to select a group, which is readily made by clicking on any amino-acid or hetero-group atom.

Działając na aminokwasy:

Jeśli na przykład wybrany atom należy do aminokwasu, to za pomocą " torsion tool" będzie można obracać w specyficzny sposób atomy w jego łańcuchów bocznych. W czasie rzeczywistym obliczane są zderzenia i generowane wiązania wodorowe. Procedura jest bardzo prosta: najpierw kliknij na narzędzie, a następnie wybierz dowolny atom należący do aminokwasów, który chcesz zmodyfikować. Kilka strzałek pojawi się pod i po prawej stronie ikony narzędzia "Toriosn". Pozwolą one przenieść kąty skręcania phi i psi łańcucha głównego (pamiętaj, że możesz także użyć Ramachandran żeby to zrobić). Domyślnie koniec karboksylowy molekuły będzie się poruszał. Ale możesz zmienić ustawienia tak aby obracała się od drugiego końca (N) poprzez odznaczenie ostatniej pozycji w meu "Tool"

Jeśli aminokwasy mają długie łańcuchy boczne to ich wiązania mogą się swobodnie obracać. Możemy także je zmieniać za pomocą strzałek, które pojawiają się po prawej stronie ikony "Torsion". Od góry do dołu, będziesz wpływać na kąty skręcania od chi-1 do chi-5. Kiedy już skończysz skręcanie łańcuchów, możesz w narzędziach skręcania zaakceptować (lub odrzucić) modyfikacje. Jeśli się zgodzisz, nazwy atomów zostaną odpowiednio zaktualizowane w nomenklaturze IUPAC.

Uwaga:Dla tych, którzy wolą korzystać z klawiatury, zamiast klikać na strzałki, każdy łańcuchów bocznych może być obracany przez przytrzymanie klawisza od "1" do "5" klikając z równoczesnym przesunięciem kursora od lewej do prawej. Klawisz "1" będzie obracać wiązanie CA-CB, klawisz "2" wiązanie CB-CD i tak dalej. Kąty Phi lub Psi poprzez naciśnięcie odpowiednio klawisza "9" lub "0".

Działając na grupy heteroatomów (ligandów):

Można także zmienić i obracać wiązania substratów, co jest przydatne do ustalenia położenia substratu. Na przykład podczas dopasowania gęstości mapy elektronów . Wystarczy kliknąć na narzędzie "torsion" i wybrać dwa atomy. Pierwszy z nich określa "punkt stały", a drugi będzie wykorzystywany w celu zdefiniowania osi obrotu. Wszystkie pozostałe atomy znajdujące się po atomie nr. 2 będą poruszać się wokoło wiązania (bond - James Bond) określonych przez dwa atomy które zaznaczyłeś. W tym miejscu ponownie, starcia i wiązania H będą aktualizowane w czasie rzeczywistym podczas skręcania. Możesz chcieć też wyświetlić długość wiązań H w menu "display". Gdy skończysz z skręcaniem, kliknij ponownie na ikonę narzędzia "Torsion", gdzie możesz zaakceptować lub odrzucić ustawienia.